A Comissão Organizadora da Conferência é composta por representantes das Secretarias Municipais e da sociedade civil e compõe a Assembléia Geral, que aprova e decide as diretrizes do Comitê Executivo e das Sub Comissões. São 03 Sub Comissões: a de Infra-estrutura, a de Mobilização e Divulgação e a de Metodologia, Temática e Sistematização. O CIEDS integra também esta última, auxiliando na elaboração dos textos-base, na definição de metodologia para as pré-conferências e Conferência, na elaboração do regimento e futuramente, com a sistematização da Conferência.
O CIEDS, desde sua fundação, atua em projetos e ações voltados para a juventude. Formulou o Projeto Agente Jovem de Desenvolvimento Social, que hoje é um projeto de ação continuada do governo federal; experimentou novas metodologias com o Projeto Afroascendentes, de apoio a jovens vestibulandos negros, com o Juventude Que Faz e Acontece, e a Rede Juventude Cidadã, entre outros.
A filial de São Paulo incorporou toda essa experiência do CIEDS com a juventude para a execução de dois grandes projetos – a gestão de 14 Estações da Juventude do Programa, do Programa Nacional de Inclusão de Jovens: Educação, Qualificação e Ação Comunitária – ProJovem, e a gestão compartilhada do Centro Cultural da Juventude, CCJ. Participar da organização da Conferência Municipal da Juventude é mais uma oportunidade de atualizar sua expertise no trabalho com juventude.